Batteriosi dell'actinidia: innovativa Diagnostica Molecolare a supporto della filiera del kiwi
In virtù del supporto progettuale del MIPAAF, il Gruppo di Fitobatteriologoa del DAFNE, presso l'Ateneo di Viterbo - dopo aver recentemente studiato in dettaglio il genoma delle principali popolazioni mondiali di PSA (vedi notizia FreshPlaza del 11/05/2012), ed aver chiarito le strategie d'infezione adottate dal batterio e sulle conseguenti reazioni delle piante di Actinidia spp. (vedi notizia FreshPlaza del 03/09/2012)- ha ora sviluppato anche un innovativo sistema di identificazione di PSA mediante tecnologie di biologia molecolare.
La ricerca, dal titolo "A Multiplex PCR Assay for Detection of Pseudomonas syringae pv. actinidiae and Differentiation of Populations with Different Geographic Origin" (Autori: GM Balestra, MC Taratufolo, BA Vinatzer, A Mazzaglia, http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-06-12-0590-RE), di prossima pubblicazione sulla rivista scientifica internazionale Plant Disease, si è concretizzata in virtù di una collaborazione tra il DAFNE dell'Università della Tuscia ed il team del Department of Plant Pathology della Virginia Tech University, USA, coordinato dal Prof. Vinatzer.
Mediante i metodi ad oggi sviluppati per l'identificazione molecolare di PSA, ancora non si era in grado di garantire da una parte la completa selettività rispetto alla patovar actinidiae e contemporaneamente, dall'altra, di discriminare tra le differenti popolazioni di Pseudomonas syringae pv. actinidiae isolate in differenti areali mondiali coltivati ad actinidia.
E' stato quindi sviluppato e validato un nuovo saggio mediante tecniche PCR multiplex. Il saggio è stato testato su 32 isolati PSA e su 15 isolati non ascrivibili a PSA. Sono stati presi a riferimento tre aplotipi di PSA differenti: un gruppo Giapponese/Coreano, un gruppo Europeo, un gruppo Cinese.
Qui sotto: isolati batterici impiegati, loro provenienza, origine geografica, ospite da cui sono stati ottenuti. Clicca qui per un ingrandimento della tabella.
Due isolati di PSA (V) della Nuova Zelanda sono stati associati a far parte del gruppo cinese, mentre altri due isolati dalla Nuova Zelanda, che sono stati isolati da piante di kiwi ma che non causano cancro batterico (PSA, LV), sono risultati negativi. I saggi PCR descritti evidenziano un livello di individuazione di PSA pari a 5 - 50 pg di DNA purificato (equivalente a 5 x 10² batteri)/reazione PCR e dimostrano la loro efficacia sia con tessuti vegetali artificialmente inoculati, sia naturalmente infetti da PSA.
PCR multiplex (clicca qui per un ingrandimento): Linee 1-6: ceppi giapponesi di Psa (KW1, KW11, 4911, 4912, 5095, 5097), 7-9: ceppi coreani di Psa (Kn2, 23663, 23664), 10-25: ceppi europei di Psa (PSA92, 7285 , 7286, 7287, 490, 1Per, 15ER, 829, 830, 820, 832, 835, 1F, 5F, 14F, LSV38.17), 26-28 ceppi cinesi di Psa (CH2010-5, CH2010-6, CH2010-7), 29-30: ceppi della Nuova Zelanda di PsaV (18839, 18875); 31-32: ceppi della Nuova Zelanda di PsaLV (18804, 18882), 33-34: P. syringae pv. theae (2598 e 2599), 35: P. syringae pv. tomato, 36: P. syringae pv. papulans, 37: P. syringae pv. aptata, 38: P. syringae pv. lachrymans, 39: P. syringae pv. pisi, 40-41: P. syringae pv. syringae (3909 b, 1 e 4250,1); 42-44: P. avellanae (NCPPB 4224, NCPPB4226, Pav34), 45: P. syringae pv. morsprunorum, 46: P. syringae pv. maculicola, 47: P. viridiflava, 48: controllo-negativo. M: marcatore molecolare (GeneRulerTM 100 bp, Genenco). Le frecce indicano rispettivamente gli ampliconi PSA (311 bp), Europa (733 bp), Giappone/Corea (609 bp) e Cina (254 bp).
Il metodo descritto rappresenta uno strumento innovativo per il rilevamento/identificazione di PSA e risulta particolarmente pratico per verificare la provenienza geografica del patogeno. In virtù dei risultati ottenuti dalla presente ricerca, la stessa metodologia appare pertanto di particolare utilità per verificare elevati numeri di campioni vegetali asintomatici dove comunque Psa può essere presente, e quindi di particolare applicabilità durante le attività di sorveglianza, monitoraggio e di prevenzione, dei Servizi Fitosanitari Regionali come degli altri Servizi Tecnici preposti.
Per maggiori info:
Dr. Giorgio M. Balestra - Ricercatore
DAFNE (Dipartimento di scienze e tecnologie per l'Agricoltura, le Foreste, la Natura e l'Energia) - Università della Tuscia
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